馬丁路德捲入德國農民戰爭是他一身中最被人非議的事情。有人嘲笑他是為了繼續獲取貴族支持他改叫而政治投機；有人嘲笑他是一手拿十字架，一手拿劍的鬥士。當時與馬丁路德敵對的Jerome Emser，以及近代天主教史學家Johannes Janssen，都控告馬丁路德應該為「農民的叛亂」負責，因為他把改革的思想灌輸給了農民，鬆開了他們舊日的鎖鏈。甚至與馬丁路德一起改教的Strasbourg的Wolfgang Capito 和蘇黎世的Huldrych Zwingli（慈運理），也相繼指責馬丁路德不應該鼓勵德國當政者撲殺捲入戰爭的農民。
早在1524年爆發德國農民戰爭之前，十四世紀的歐洲就已有過農民暴動，例如英國改教先驅威克里夫曾捲入過的1381年英國瓦特·泰勒農民起義。到了十六世紀，德國農民除了面臨教會的苛捐和政府的雜稅以外，還有十字軍東徵所帶來的商業行為導致的社會形態變遷，通貨膨脹使農民經濟受損，生活變得更加困苦，即使沒有宗教改革，農民的積怨也是早晚都會爆發的。在此背景之下，馬丁路德的宗教改革漸漸地同社會的變革纏繞在了一起。
馬丁路德曾在改教三大文件之一的《致德國基督徒貴族》中，表達了對社會全面性的關注。一方面，他批判神職人員魚肉百姓和商業貿易中產生的貪婪，奢侈，淫穢，傷風敗俗等等行為，寫文章抨擊高利貸。另一方面，馬丁路德也積極地參與協調地主和農民之間的衝突。農民因此而與他互相回應，視他為盟友。但是，冰封三呎，非一日之寒，即使是「有良心的基督徒地主或貴族，也不肯輕易放棄既得的利益」。
雖然馬丁路德企圖堅持神的福音乃是和平的福音，想清楚劃分宗教改革和社會變革的界限，但在激烈改革者Thomas Müntzer和Andreas Karlstadt等人的鼓動下，農民要求權益的呼聲愈來愈高，行為也越來越激烈。他們認為馬丁路德的和平改革策略太過緩慢，質問他難道不知道王公貴族正用高利貸吸取老百姓的血嗎？那些在艱難的生存邊緣掙紮的農民，沒有時間閱讀聆聽神的道。那些沒有軍事設防的地主或修道院首先成為農民攻擊的目標，到處都發生了修道院被搶，修士修女被殺的事件。
在前東德的德累斯頓德的博物館，曾出展過畫家Werner Tübke描繪農民戰爭烽火場面的作品，還出版過相關郵票，以紀念1525年這場社會流血革命。當時的東德尚在前蘇聯社會主義陣營中，他們認為Thomas Müntzer的暴力激進革命，正是社會主義革命的榜樣和先驅。今天東西德雖已經回歸統一，但在德國教會中，仍有社會主義的神學家，藐視馬丁路德對革命的保守態度。
起初，馬丁路德還在努力地平衡規勸地主和農民，但是當Thüringen發生了農民暴動以後，雙方的和平協商就此破裂，馬丁路德開始撰文批評農民。他批評暴動農民是一群「失去理智的瘋狗」，若不趁早制伏，會反過來咬人；農民公然反叛，就不在神的法律庇護之下，因為反叛不僅僅是謀殺，使許多人成為孤兒寡母，更會像大火一樣，燒滅全地，使法律的約束力蕩然無存。馬丁路德說，一切革命都是背叛上帝。因為這個態度，馬丁路德為德國的宗教改革付出了很大的代價。
一向比較溫和墨蘭頓，對農民暴動也是深惡痛決，主張嚴厲鎮壓。
馬丁路德在《Against the Raging Peasants 對憤怒的農民》一文中，再次展現了他那犀利的語言風格，他慷慨激昂地講了這樣一些火爆十足的話，「我殺了Müntzer，讓他的死歸在我的肩上吧！我殺了他，是因為他想殺我的主基督！」（Martin Luther：Shaping and Defining the
Reformation 1521-1532；Fortress，1990；p.193）
「我殺了所有叛變的人，讓他們的血歸在我的頭上吧。既然這些暴民不肯聽神的話，那麽槍杆子就要講話了。對強盜和兇手而言，無需同他們講神的慈愛。」「貴族在戰時用流血所賺取的天堂門票，勝過其他人用禱告所積的功德。」（出處同上）
馬丁路德知道他的這些話，必然會招致對頭的攻擊；但對他而言，革命實在是無法容忍的。Sachsen地區的貴族，得到了他的支持，使用武力，很快地就平息了農民的暴動，但從此德國南部的人們便不再同情和支持宗教改革了。
其實，馬丁路德對農民暴動的複雜情勢，也只出自他片面地了解，這極大地影響了他的判斷和處理方法。暴動鼓動者Müntzer被捕後拒絕和談，就更使得僵局難以化解。此後的輿論比較同情農民，而不諒解馬丁路德。
農民戰爭勝利後的貴族趁勢報複，使得馬丁路德看清了德國上層階級卑鄙的一面。他警告貴族不要得意忘形，因為農民的失敗不是因為地主的「公義」，而是因為「反叛」本身是錯誤的。他認為，貴族統治者既然因為上帝的恩典而贏得戰爭，那他們就更應該獻出上帝的慈愛。對付暴動者的確需要武力，但是農民既已失敗，就應該善待他們。馬丁路德自己曾長年不斷地幫助那些因戰爭而被驅離的Mühlhausen地區的農民重建家園。
近代天主教史學家Johannes Janssen說，這個被馬丁路德所激烈棄絕的農民運動，實際上是由馬丁路德發起的。這樣的批判有失公允。事實上，受創傷最深的，是馬丁路德的心靈；他一直害怕宗教上的無節制，會導致社會的動亂，以致於他的言論有時表現的十分嚴厲。馬丁路德認為基督徒的自由不是社會性的，而是基督信仰上的，因為連耶穌基督自己都放棄了人間王位，而使自己誕生於凱撒奧古斯都得諭令之下。使徒保羅也勸戒信主的奴隸，守住蒙召時的身份（參見《新約·腓利門書》）。馬丁路德堅決反對農民把神的天國，片面地轉化為今世物質上的國度。
馬丁路德反對農民暴動，乃是因為他認為，社會制度的不公正是不能借著更暴虐的方式而得到糾正的。他認為如果維持秩序的政府被瓦解了，也無法保證教會安全地宣講神的話語；（如果武力所造成的破壞力，會小於所要糾正的惡事的情形下，這手段是可以接受的。）
值得人們特別注意的是，馬丁路德當時所處的時代，在當時的歐洲，是人稱所謂「Christendom 基督教帝國」（政教合一）的時代。
在馬丁路德著名的「二個國度觀」的思想體系中，他認為教會宣講的職事，是神在地上所設立的最高的事奉，其次才是政府維持社會秩序的職事。二者都是神話語所委派設立的團體，彼此互盡義務。政府是透過法律，理性，權威等，來保護教會的宣講職事，照顧孤寡貧窮，持守公義；而教會則是已神的話語來引導，糾正，影響政府；二者互相作用，促進神國度的擴展。雖然政府與教會應該是分開的二個領域，卻又彼此關係密切，處理這種矛盾關繫，只能在理想狀態下運作。但是，在教會歷史中，非常遺憾的是，在許多實際的詭異多變的政權紛爭中，政教關係多半是處在糾纏不清的混亂狀態之中。
馬丁路德根據羅馬書十三章和彼得前書二章的原則，努力教導人們順服在上的執政者，他自己也努力服膺這個原則，這可從他在農民戰爭的立場可見一斑。但是，他也知道這個理論的極限局限性；這可從他在1523年發表的《To what extent it should be obeyed》一文得到證明。1530，馬丁路德在詮釋《詩篇八十二篇》時，再次論述政府權力的限制，當政府未盡神所委任的職責時，神必會審判它。
因此，馬丁路德雖然一再地尊崇政府的天賦權柄，但又未一味包庇。他深知當權者對權位的貪婪，他也不諱言大部分王公是暴君，是基督信仰福音的逼迫者。他曾有過一個比喻，「上帝是個偉大的廚師，經營一個大廚房，養肥了許多大型牲畜，那就是王公貴族。上帝把他們飼養肥壯，賜予他們豐富的錢財，尊榮和權力，然後宰殺他們。」
按照聖經，人民應該服從執政的，貴族應當服從皇帝。至於是否可以誅殺暴君，馬丁路德則較為低調，比加爾文消極多了，雖然加爾文的措辭，也是帶著某種程度的含糊性，「一方面受苦於革命；另一方面神會興起復仇者來推翻暴君。」
馬丁路德以為「容忍」不公義，勝過「犯下」不公義的事。懲罰善惡政權是上帝的事，不是那些想主持公義人士的使命。推翻政府不同於改革政府，戰爭永遠是不得已的最後選擇。戰爭時刻，如果無法判斷何者對，何者是暴君，領袖要負全責，士兵只知道服從上級的命令，領袖則要靠禱告及敬畏的心。至於暴君的定義，以及如何懲治邪惡的政權，馬丁路德以為應該謹慎，不能輕易定論。
近代批評馬丁路德的聲音從未間斷過，從德國的Karl Barth，到現代英國研究馬丁路德的Alister Edgar McGrath，他們都認為馬丁路德對暴虐政治的容忍，暴露了他政治思想上的弱點和不足，且影響到1930年代德國教會對希特勒的容忍；特別是在二戰後受審判的納粹，都咬定馬丁路德是納粹反猶政策的共謀。但是，也有人為之辯護，說馬丁路德反猶的理由，與納粹是截然不同的。（此話題在此暫略不提）
其實，馬丁路德在當時已經意識到他自己理論之天真和缺失。他雖然可以在理論上堅持他的原則，但當他受到實際的壓力時，他也無法完全貫徹他的立場；譬如，1531年簽訂《The Peace of Augsburg 奧斯堡合約》之後，神聖羅馬帝國皇帝Charles五世（Holy Roman Emperor）偏向教皇，二者聯合起來要捉拿馬丁路德。此時，馬丁路德修正了他原先的立場，併未遵守他自己定下的原則，他說願意把諸侯是否可以使用武力抵抗皇帝的問題，交付法律法庭去處理；幸而不久，土耳其人入侵歐洲，這件事暫時轉移了皇帝和教皇的注意力，才解決了這個尷尬的場面。
（後來，有學者提出疑問，研討馬丁路德是否因為這些事件，而覺察到他自己在政教關係上的窘迫？馬丁路德雖然作為一位神學家和法學家，但在面對複雜政治問題的時候，他畢竟也是力有所不逮。由此，馬丁路德在處理當時政治問題幾次失敗的時候，他是否覺悟他應該回歸到全神貫注所蒙召的傳道事業上？）
馬丁路德認為，人民道德生活的改善，比政府的改革更為重要；如果人民道德敗壞，則政治也無法改進。他認為這個世界已經病入膏肓，真正的醫治士是在信仰屬靈國度的領域，即宣講神的話語；由此，「Theology of the Word of
God聖道神學」成為了成熟時期的馬丁路德的思考核心，貫穿於他的餘生。
馬丁路德的生平，可以令人聯想到舊約時代的宮廷先知以賽亞的生涯。以賽亞一生經歷了四個君王。他的信息也多圍繞著君王和政治家，他可謂閱盡政治滄桑。當以賽亞用「童女懷孕生子」（第七章），「嬰孩的名字」（第九章），「耶西的根」第十一章），等一連串的振奮人心的信息，來預告彌賽亞國度的時候，老百姓曾經必然地把希望寄托在大衛王朝的君王希西家的身上；但是在第三十八章，這種政治彌賽亞國度的幻夢破碎了。希西家不但犯錯，也難逃一死；顯然，他的國度不是永恆的。
《以賽亞書》第二十二章，特別介紹了當時二位傑出的政治家，舍伯那和以利亞敬；二人先後擔任過家宰的職位。以利亞敬更是聲勢顯赫，幾乎享有彌賽亞的職能地位，「我必將大衛家的鑰匙放在他肩頭上，他開，無人能關；他關，無人能開。我必將他安穩，像釘子釘在堅固處。他必作為他父家榮耀的寶座。（賽二十二22~23；啟三7）」然而，二人的結局都令人惋惜。舍伯那因為驕傲，為自己鑿華麗顯貴的墳墓（參代下十六14）而下台。以利亞敬則利用裙帶關係，為家族安排官職，最後受累辭官。
以賽亞從他們的結局領悟到宦海的虛幻無常，世界政權和人間政治家的有限；這些都無法給人類帶來永遠的希望。希西家和以利亞敬都極力勤政愛民，最後也免不了受權力的腐蝕。神的百姓須寄望於神國度的統治。
雖然許多人認同政權的本質，同教會的本質是南轅北轍的；但許多人也認為教會不可絕緣於政治社會之外，基督徒也應該關懷社會弱勢人群。有人認為政治清明，制度健全，社會安定會有助於傳播福音的環境；但也有人認為未必如此。有時動蕩不安的時局，更能預備人心接受福音。假如社會出現「好」的基督徒政治家，也許會是國家社稷的福氣；但是，某位「敬虔」的基督徒政治家，未必會比一個非基督徒政治家更好的結局。政治圈內複雜詭異，政治人物通常毀譽參半。馬丁路德的經驗教訓，告訴我們政教之間的矛盾和糾結的關係是無法被釐清的。
耶穌基督不是以政治手段來贏取世界，祂乃是用和平的福音來征服人心的。
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